En el Campo de la Salud, hemos realizado una capacitación y acompañamiento en temas de salud preventiva y medicina tradicional. Hace 26 años aproximadamente, iniciamos una programación sistemática a raíz de la elaboración del primer plan pastoral en el año 1985. Posteriormente en 1990, con la implementación de un proyecto de salud financiado por Misereor para el Medio Atrato Claretiano dimos los primeros pasos en la construcción de un programa de formación en salud que incluía temas referentes a la medicina tradicional, occidental y alternativa, con énfasis en la formación integral de agentes comunitarios de salud que tienen la misión de servir a su comunidad. Paralelamente buscamos implementar actividades o campañas de prevención, así como las actividades de gestión ante los alcaldes o entes regentes de la salud para la obtención de recursos que potencian el área de la salud en las comunidades circunscritas a cada municipio.
A partir del año 94 se inicia la experiencia de formación diocesana, con la figura de los encuentros diocesanos de salud, logrando aglutinar la mayoría de los equipos misioneros del área rural, actualmente se está trabajando también con la parte Urbana completando así 14 grupos, en torno a la formación en terapias alternativas (masoterapia china y reflexología podal); en 1994 se hacen acuerdos de cooperación con entidades como: el Departamento Administrativo de salud DASALUD, que se compromete a prestar la asesoría técnica y facilitar recursos económicos y material didáctico, para la formación en microscopía, parto limpio, Cólera, EDA e IRA; con el Instituto Colombiano de Bienestar Familiar (I.C.B.F), el aporte de la bienestarina para los grupos de salud. Con el extinguido Departamento de MALARIA, programamos el acompañamiento, asesoría técnica y aporte de insumos para los microscopistas de las comunidades.
Desde hace 3 años se han realizado convenios con el SENA, para la formación de estos agentes de Salud (rurales principalmente) con la posibilidad que puedan obtener el grado de auxiliar de enfermería y así prestar un mejor servicio en sus comunidades, con posibilidad de ser tenidos en cuenta por el estado para posibles contrataciones en sus regiones. El 10 de septiembre del año 2014 se graduaron los primeros 30 promotores comunitarios, que durante 3 años recibieron la capacitación del SENA para obtener el grado de Auxiliar de enfermería y así poder acceder a contrataciones con el estado en sus comunidades. Esperamos continuar los convenios con el SENA, de manera que sean muchos más los que se cualifiquen, y desde sus experiencias y profesionalismo puedan aportar más frente al tema de salud que es tan precario en la mayoría de las comunidades rurales del Departamento del Chocó por no decir que en todos.
Se cuenta con el laboratorio de transformación de plantas medicinales, la cual presta un gran servicio a los distintos grupos de salud, en donde se elaboran jarabes, pomadas, jabones, champús, todo con fines medicinales y productos de la selva, que tradicionalmente estos pueblos manejan y conocen sus propiedades. (Etno salud).
Además de esto se promueven las huertas caseras con hierbas medicinales. Actualmente se ha avanzando en la consecución del permiso por parte el INVIMA, para la producción de los productos. El día 7 de Marzo del año 2014. La super intendencia de industria y comercio de la Republica de Colombia emite la resolución # 16285, que concede el registro de la Marca mixta. Llamada Productos Naturales Chocó biodiverso. Lo que es un avance en la protección de la intelectualidad de estos productos. La idea es continuar para obtener el permiso del INVIMA.
MISIÓN: 
Esta instalación se desarrolla en el marco de la asamblea nacional de delegados, encuentro tuvo lugar en el Centro de Memoria histórica paz y reconciliación, en la Ciudad de Bogotá D.C. y contó con la presencia del señor Todd Howland representante de la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos – OHCHR, los senadores Alberto Castilla e Iván Cepeda, la exsenadora Piedad Córdoba; quienes en calidad de garantes y enlaces viene acompañado este proceso de Cumbre; además participaron personalidades de la academia, analistas políticos y medios de comunicación.
Reiterando la importancia de que los indígenas en Colombia asuman su papel como sujetos políticos en el proceso de reconstrucción social que hoy afronta el país, intervino el consejero Mayor de la Organización Nacional Indígena de Colombia – ONIC, Luís Fernando Arias, en el evento de instalación oficial de la Mesa Única Nacional de la Cumbre Agraria, Campesina, Étnica y Popular, acto desarrollado el viernes tres de octubre en el Centro de Memoria Histórica en la ciudad de Bogotá.